As amostragens visando o diagnóstico limnológico da bacia, incluindo as características físicas e químicas da água e a fauna e flora aquática, foram realizadas em 36 estações, envolvendo rios, ressacos, canais e lagoas com diferentes graus de conecção com o sistema. Estas estações são caracterizadas sucintamente quanto às suas coordenadas, morfometrias e vegetação das encostas. 

Os resultados dos fatores limnológicos básicos evidenciaram uma grande variabilidade dos 36 habitats investigados. A amplitude de variação da maioria dos fatores limnológicos obtida em um único mês (fevereiro de 1999) foi da mesma ordem de magnitude da variação obtida em pesquisas que enfocaram as variações temporais de características limnológicas até então executadas na planície do alto rio Paraná. A título de exemplo, pode-se citar a grande variação dos valores da alcalinidade total (200 e 2.109 mEq/L) e das concentrações de N-total (282 e 922 µg/L), P-total (15 a 309 µg/L) e clororila-a (0 a 56 µg/L). Os resultados corroboram os dados obtidos anteriormente que demonstram ser o rio Paraná um ambiente consideravelmente pobre em relação às concentrações de fósforo, mas com altas concentrações de N-nitrato. Por outro lado, as águas do rio Ivinheima possuem altas concentrações de ambos os elementos. Este padrão também foi demonstrado pela aplicação de uma Análise de Componentes Principais, que indicou que os ambientes conectados ao rio Ivinheima foram caracterizados pelos maiores valores de turbidez e das diferentes formas de nitrogênio e fósforo, enquanto os ambientes conectados ao rio Paraná, especialmente os ressacos, foram os que apresentaram os maiores valores da profundidade do disco de Secchi.

Através das amostragens realizadas em fevereiro de 2000, pode-se inventariar 272 táxons, sendo que aproximadamente 70% destes foram registrados nos ambientes lênticos com comunicação do sub-sistema rio Paraná. O sub-sistema rio Ivinhema teve os menores valores de riqueza de espécies. De forma geral, o maior número de táxons ocorreu nos ambientes com comunicação direta com o canal principal. A densidade fitoplanctônica, por sua vez, foi maior nos ambientes sem comunicação, sendo Cyanophyceae a classe dominante. Os maiores valores de diversidade específica foram registrados nos canais e lagoas com comunicação. Os baixos valores de diversidade observados nos ambientes sem comunicação, podem ser atribuídos à ocorrência de florações de cianofíceas.

A comunidade perifítica apresenta uma clara heterogeneidade espacial e temporal, apresentando variações em sua composição, biomassa e produtividade. O entendimento dessa heterogeneidade no perifíton é importante porque seus componentes desempenham papel preponderante no metabolismo dos sistemas aquáticos continentais. Com o objetivo de verificar a heterogeneidade espacial e temporal da comunidade perifítica na planície de inundação do alto rio Paraná, em termos de biomassa, e apresentar um primeiro diagnóstico da composição e distribuição do ficoepifíton nos ambientes estudados, escolheu-se enquanto substrato natural pecíolo de Eichhornia azurea Kunth. O perifíton foi removido de seu substrato para análise de biomassa, através de peso seco livre de cinzas e teor de clorofila a, sendo coletado três pecíolos para cada variável em três bancos da macrófita. A partir desses dados foram adotados os índices para classificação do perifíton. Para análise qualitativa das algas epifíticas, o material foi removido do seu substrato e transferido para frasco de 150 ml de capacidade. Preparou-se uma tabela com lista de ocorrência dos táxons por ambiente analisado, excetuando diatomáceas, apenas para o mês de fevereiro. Usando a clorofila a e o percentual de cinzas como índices de biomassa do perifíton aderido à macrófita, o perifíton pode ser classificado como mais orgânico do que inorgânico para os ambientes estudados em fevereiro, maio e agosto de 2000. Ocorreu um aumento no percentual orgânico de fevereiro para maio, com acréscimo acentuado deste último para agosto. Observou-se uma tendência de aumento dos heterotróficos no decorrer do período analisado. Considera-se que o aumento do percentual orgânico em agosto esteja mais relacionado com o aumento de heterótrofos na comunidade, uma vez que o conteúdo de clorofila no perifíton, comparativamente aos meses de fevereiro e maio, sofreu uma diminuição. O estado autotrófico foi observado para todos os ambientes analisados no mês de fevereiro. Em maio, a condição heterotrófica foi observada apenas no Canal Baía. No entanto, em agosto, quatro estações de coleta apresentaram características heterotróficas. Dessa forma, numa visão global da planície de inundação do alto rio Paraná através do percentual de cinzas, conteúdo de clorofila e índice autotrófico, pode-se considerar que existe um predomínio dos autotróficos em fevereiro e maio – período de águas altas, e uma tendência a heterotrofia em agosto – período de águas baixas. Quanto a composição específica, foram identificados 214 espécies distribuídas em 73 gêneros e nove classes. O maior número de táxons foi da classe Zygnemaphyceae, mais especificamente de desmídias. As espécies de Euglenophyceae ocorreram somente nos ambientes lênticos e as espécies de Rhodophyceae, exclusivamente em lóticos. Sugere-se que a presença dos fitoflagelados nos ambientes lênticos está relacionada à uma possível interação com a comunidade epipélica. Os gêneros Audouinella e Compsopogon (classe Rhodophyceae) são tipicamente encontrados em ambientes com velocidade de corrente moderada, alta transparência da coluna de água e ausência de poluição orgânica, condições estas condizentes com aquelas encontradas nos ambientes lóticos estudados. Finalmente, apesar de não ser possível ainda observar uma clara heterogeneidade espacial, é evidente, pela composição específica das algas perifíticas, uma distribuição qualitativa dos táxons de acordo com o regime hidrodinâmico dos ambientes. Também, através dos índices de classificação, fica evidenciado uma marcante variação temporal da comunidade perifítica.

Nesse estudo foi registrado um número de táxons expressivo (149 táxons), considerando-se que os resultados referem-se à apenas um mês de coleta. Dentre esses táxons, verificaram-se três novos registros para a planície, destacando-se a importância de uma rede de amostragem maior. Em relação aos diferentes ambientes amostrados, uma maior riqueza foi constatada nos rios, especialmente dos rotíferos e tecamebas, em função da presença de táxons não planctônicos, característicos desses ambientes, e planctônicos, provenientes das lagoas.

As maiores densidades foram verificadas nas lagoas sem comunicação, devido, provavelmente, à ausência de perda dos organismos para outros ambientes, e a colonização das regiões litorâneas por extensos bancos de macrófitas aquáticas. Por outro lado, nas lagoas com comunicação as abundâncias foram menores, quando comparadas com as sem comunicação, provavelmente, devido ao arraste dos organismos, produzido pelo fluxo de corrente, para fora da mesma.

Os ambientes da planície de inundação ocorrem mudanças dramáticas nos fatores abióticos da água (Villar et al. 1999). A estrutura da comunidade bêntica de cada biótopo, quando o ambiente não é antropizado, é conseqüência das respostas às periódicas perturbações das fases de águas altas do rio. 

Na comunidade bêntica da maioria dos biótopos da planície aluvial do alto rio Paraná, encontram-se quase todos os filos zoológicos, sendo as espécies de Insecta as mais abundantes e freqüentes. Muitas espécies desse grupo têm larvas aquáticas, porém seus adultos são terrestres, o que dificulta trabalhos básicos, tais como a identificação das espécies, visto que, a esse nível, a literatura, em geral, apresenta chaves de identificação apenas para formas adultas.

O principal fator que determina a mudança temporal na composição e densidade de zoobentos é o pulso de inundação. Embora o efeito da diluição seja relevante, parte dessa variação temporal relaciona-se à sazonalidade na reprodução, que é distinta entre as várias espécies. 

Na tentativa de elucidar os fatores ambientais importantes que determinam as diferenças na qualidade e quantidade de zoobentos, foram analisados 36 diferentes biótopos da planície aluvial do alto rio Paraná.

O presente subprojeto, nesta primeira fase de desenvolvimento, necessitou sofrer readequações frente a disponilidade de recursos e de equipamentos. Neste sentido, priorizou-se questões de cunho específico, não perdendo de vista ações que alicerçariam a continuidade dos estudos. Optou-se por investigar as fontes de energia mantenedoras de uma das espécies mais importantes na pesca na bacia do rio Paraná, sensível aos impactos antrópicos e às alterações ambientais (Prochilodus lineatus), ao mesmo tempo em que foram analisadas as composições isotópicas dos produtores primários presentes nos principais subsistemas. Assim, embora muito exista a fazer, para as próximas etapas, o estudo das demais espécies de peixes será facilitada pelas informações básicas obtidas, nesta fase, acerca dos produtores primários.

As informações contidas neste relatório foram obtidas de coletas realizadas no período de fevereiro de 2000 a agosto de 2000 durante as três campanhas de coletas. Neste período foram necropsiados 499 espécimes de peixes de 57 espécies diferentes. Das 57 espécies de peixes coletadas, 51 (89,5%) estavam parasitadas por pelo menos uma espécie de parasito. A ocorrência de monogenéticos parasitando a bexiga urinária de Serrasalmus marginatus (piranha), S. spilopleura (piranha) e Prochilodus lineatus (curimba) é realizado pela primeira vez na Planície de inundação do alto rio Paraná. Foi também registrado a ocorrência de Diplostomum (Austrodiplostomum) compactum em Cichla monoculus (tucunaré), Hoplias malabaricus (traíra) e Satanoperca pappaterra (cará) além de Plagioscion squamosissimus (corvina). O acantocéfalo Quadrigyrus machadoi também foi registrado pela primeira vez em novos hospedeiros: Cichla monoculus (tucunaré) e Hemisorubim platyrhynchos (jurupoca). Dados quantitativos e qualitativos dos parasitos de S. pappaterra, H. malabaricus, C. monoculus, P. squamosissimus e P. lineatus são apresentados.

As atividades desenvolvidas neste sub-projeto envolveram estudos de diversidade e estrutura genética de populações naturais de peixes. Além desses aspectos foram avaliados os fluxos gênicos e diferenciação genética entre populações de peixes em diferentes ambientes. O objetivo básico destes estudos foi analisar o impacto genético da mistura de populações do médio e alto rio Paraná decorrente do alagamento dos saltos de Sete Quedas pelo reservatório de Itaipu. Um estudo acerca da propagação vegetativa de uma importante espécie vegetal da mata ripária é também relatado. 

A riqueza de espécies de macrófitas aquáticas de várias lagoas da planície de inundação do alto rio Paraná foi estimada utilizando-se estimadores não paramétricos. Cinqüenta espécies foram registradas em levantamentos intensivos realizados entre os anos de 1997 e 1999 em vários habitats da planície. Baseado em uma amostra ao acaso de 20 lagoas, que vêm sendo investigadas no projeto PELD, todos os estimadores resultaram em valores de riqueza de espécies similares aos obtidos pelos levantamentos intensivos. Após o controle do esforço amostral, a comparação entre as lagoas conectadas com os rios Paraná, Baía e Ivinheima sugere que a riqueza de espécies é diferente para estes três grupos de lagoas. Os resultados da aplicação de uma Análise de Correspondência e do teste de Mantel demonstraram que a diversidade beta foi significantemente maior entre os grupos de lagoas do que entre as lagoas de um mesmo grupo. A elevada conectividade entre as lagoas de um mesmo rio pode explicar estes resultados. A maior diversidade beta foi obtida nas lagoas conectadas ao rio Paraná, que são predominantemente temporárias e que apresentam características limnológicas mais variáveis temporalmente. Este resultado está de acordo com a predição ecológica geral de que a diversidade beta aumenta com a variabilidade ambiental. 

Com o objetivo de caracterizar os diversos tipos de ambientes da planície alagável do rio Paraná, tanto fisionômica quanto floristicamente, desenvolveu-se o trabalho de classificação fisionômica e de levantamento florístico. Encontram-se assim classificados 8 tipos de vegetação, sendo que a margem direita possui todos êles, enquanto que a esquerda possui apenas a mata ciliar e o sistema central, formado pelo rio Paraná, apresenta 5 tipos. Do levantamento florístico encontram-se registradas 76 famílias, 205 gêneros e 244 espécies.